Společnost PKS INPOS a.s. má zavedený a certifikovaný integrovaný systém řízení tj. systém řízení jakosti podle normy ČSN EN ISO 9001:2001, enviromentální systém řízení podle normy ČSN EN ISO 14001:2005 a systém řízení BOZP podle specifikace OHSAS 18001:1999.
V roce 2000 společnost PKS INPOS a.s. zavedla a certifikovala systém řízení jakosti podle normy ČSN EN ISO 9002, který byl v roce 2003 upraven a certifikován podle normy ČSN EN ISO 9001:2001. Poslední certifikace proběhla v červenci 2006.
Organizace zároveň zavedla a udržuje systém enviromentálního managementu splňující požadavky ČSN EN ISO 14001:2005
Systém managementu bezpečnosti a ochrany zdraví při práci splňující požadavky ČSN OHSAS 18001:2008
Základní přístup společnosti PKS INPOS a.s. k oblasti řízení jakosti je formulován v Politice jakosti.